Toute contestation entraîne généralement auprès des personnes concernées la hantise des frais souvent importants d'une procédure judiciaire.
Un recours à la commission implique, lors de l'introduction du dossier, le paiement d'un montant forfaitaire de 200€ par partie, montant qui couvre la première visite des lieux par l'expert  et la rédaction soit du procès verbal de conciliation, soit du rapport technique contraignant. Au coût modeste de ces prestations de base s'ajoute l'avantage que les parties restent maîtres du coût d'éventuelles investigations complémentaires. En effet, l'expert doit établir, au-delà du forfait, un devis pour de telles investigations complémentaires et soumettre ce devis préalablement à l'approbation de la partie qui a sollicité l'expertise et en avance les frais.
Les éventuels actes complémentaires sont répartis en honoraires (75 €/h), en indemnités de déplacement (1 €/km, temps de trajet inclus) et en secrétariat (31 €/h).