Bij betwistingen zijn de betrokkenen meestal beducht voor de soms hoge kosten van een gerechtelijke procedure.
Wanneer men een beroep doet op de Commissie, betalen elke partijen bij het inleiden van het dossier een vast bedrag van 200€, dat in gelijke delen over de partijen wordt verdeeld en dat de kosten dekt van het eerste plaatsbezoek van de deskundige en het opstellen van het proces-verbaal van verzoening of het technisch bindend verslag. Naast het voordeel van deze bescheiden basisprijs blijven de partijen meester over de kosten van eventuele bijkomende onderzoeksdaden.
Immers, bovenop het vaste bedrag moet de deskundige voor eventuele bijkomende onderzoeksdaden, eerst een bestek laten goedkeuren door de partij die de expertise heeft aangevraagd en er de kosten van voorschiet. De kosten voor eventuele bijkomende onderzoeksdaden bestaan uit ereloon (75 € /u), verplaatsingsvergoedingen (1 €/km, reistijd inbegrepen) en secretariaatskosten (31 €/u).